Iako je imala više politički nego vjerski odnos prema ustaškoj vlasti, sama je Crkva dobro pazila da se njeno ponašanje ne bi moglo protumačiti kao priznavanje režima o čijim je zločinima Sveta Stolica vrlo dobro bila obaviještena. Premda su Talijani službeno podržavali taj režim, redovno su o tome obavještavali papinskog izaslanika mons. Marconea iz benediktinskoga reda, a kojega je Vatikan poslao u Zagreb.
Ako su politički ili vjerski razlozi spriječili da Vatikan javno osudi taj režim u ime kršćanskog morala, Sveta Stolica pokazala se puno strožom u vjerskim stavovima.
Skoro je došlo do sukoba početkom ovog mjeseca. Kako su biskupska sjedišta u Križevcima, gdje je biskupsko sjedište grkokatolika, i u Mostaru bila prazna, Sveta Stolica je postavila mons. Petra Čulu za mjesnog biskupa u Mostaru, gdje je obično bio postavljan neki franjevac, i mons. Šimraka, poznatog po njegovim fašističkim vezama, za grkokatoličkog vladiku u Križevcima. Međutim, poglavnikova vlada suprotstavila se tim imenovanjima.
Kako Sveta Stolica nije odustajala od svojih odluka, ustaška je vlada odlučila uzvratiti istom mjerom i pripremila je četiri dekreta:
- ukidanje novčane pomoći biskupijama u Mostaru i Križevcima
- ukidanje novčane pomoći grkokatoličkim svećenstvu
- ukidanje novčane pomoći grkokatoličkom sjemeništu
- zabrana pravoslavnima da se ponovno vrate Grkokatoličkoj crkvi.
U međuvremenu je fra Rade Glavaš, franjevac na službi u Ministarstvu pravosuđa i bogoštovlja, bio pozvan kod mons. Stepinca, zagrebačkoga nadbiskupa, da bi mu se dalo na znanje da će, ukoliko budu ustrajali u suprotstavljanju odlukama Svete Stolice, poglavnik, dr. Puk, ministar pravosuđa i bogoštovlja, i sam fra Rade biti odmah ekskomunicirani. Ta prijetnja bila je još jedan razlog nepoštivanja poglavnika koji je nastojao imati obzira prema željama Vatikana, ali danas pokušava kao kompenzaciju postaviti nekoga od svojih ljudi na biskupsko sjedište u Đakovu. (…)